Reconstruction method:
Species:
Output format:
Normalization value:
size of the smaller genome sqrt(2) * a * b / sqrt( a^2 + b^2 )
Genome size definition:
number of annotated genes genes with homologs in sequenced species genes with orthologs in sequenced species
Distance measure:
-ln (s) s - 1
Clustering algorithm:
neighbor-joining Fitch-Margoliash
A. aeolicus B. burgdorferi B. halodurans B. subtilis Buchnera C. crescentus C. jejuni C. muridarum C. pneumoniae CWLO29 C. pneumoniae AR39 C. trachomatis D. radiodurans E. coli K12 E. coli O157:H7 H. influenzae H. pylori 26695 H. pylori J99 L. lactis M. genitalium M. leprae M. loti M. pneumoniae M. pulmonis M. tuberculosis N. meningitidis serogroup A N. meningitidis serogroup B P. multocida P. aeruginosa R. prowazekii S. aureus Mu50 S. aureus N135 S. pyogenes Synechocystis T. maritima T. pallidum U. urealyticum V. cholerae X. fastidiosa
A. fulgidus A. pernix Halobacterium M. jannaschii M. thermoautotrophicum P. abyssi P. horikoshii P. furiosus T. acidophilum S. solfataricus
A. thaliana C. albicans C. elegans D. melanogaster H. sapiens S. cerevisiae S. pombe